G4access识别G-四链体及其与开放染色质和印记控制区域的关联—小柯机器人—科学网

法国蒙彼利埃大学Jean-Christophe Andrau团队近期取得重要工作进展。他们研究通过G4access策略来识别G-四链体及其与开放染色质和印记控制区域的关联。相关研究成果2023年7月3日在线发表于《自然遗传学》杂志上。

据介绍,后生动物启动子富含二级DNA结构形成基序,如G-四链体(G4)。

研究人员开发了“G4access”,这是一种通过核酸酶消化分离和测序与开放染色质相关的G4的方法。G4access不依赖于抗体和交联,并丰富了计算预测的G4(pG4),其中大多数在体外得到证实。在人和小鼠细胞中使用G4access,研究人员鉴定了与核小体排斥和启动子转录相关的细胞类型特异性G4富集。G4access允许测量G4配体处理、HDAC和G4解旋酶抑制剂处理后G4库使用的变化。

将G4access应用于来自杂交小鼠的细胞表明,G4在控制活性印迹区域中的作用。研究人员还观察到,G4access峰是非甲基化的,而pG4的甲基化与DNA上核小体的重新定位相关。

总的来说,这一研究为探讨细胞动力学中的G4提供了一个新的工具,并强调了它们与开放染色质、转录的关系及其对DNA甲基化的拮抗作用。

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